达尔文的笔记本被偷了：它改变了生物学

左：《物种起源》封面。右：1854年前后的达尔文。图片均在公共领域内。

1837年7月，在乘坐小猎犬号（The Beagle）完成环球航行后，查尔斯·达尔文（Charles Darwin）在自己的笔记本上写下了“I think”二词，并在下面附上了一张草图。

达尔文在1837年7月画下的“生命之树”草图。来源：剑桥大学图书馆

在1859年出版的著作《物种起源》（On the Origin of Species）中，达尔文将其称为“生命之树”（Tree of Life）：从一个共同祖先开始，不同物种如同树的枝叶一般发散，物种利用演化学的原则，适应各自的环境。这张草图不仅展现了他雄厚的阅历和惊人的洞见，也对之后将近200年的生物学、医药学，甚至人工智能研究产生了不可度量的影响。

2001年冬天，在对达尔文笔记本的状况进行了拍摄取样后，其中两本（包含画有“生命之树”的一本）居然不见了踪影。在短暂的搜索过后，图书管理员只好在无奈之下，将这两本价值上百万英镑的笔记本标记为“失踪书物”。开始的几年，管理员们都默认笔记本只是在拍摄后放错了地方。但二十年来的各项搜寻行动（包括今年史上最大的搜寻行动）都搜寻未果，图书馆只好在11月24日公布了搜寻结论：达尔文的两本笔记本丢了，而且很可能是被偷了。

就在161年前的11月24日，《物种起源》由约翰·默里出版社（John Murray）出版。虽然书中的许多概念已在两个世纪的“演化”中更新换代，但在那个DNA和基因概念尚未诞生的时代，达尔文的洞见真正让生物学焕发出了新的生机。

不是"蜕变"，而是演化

1809年2月12日，达尔文出生的时候，“演化”（evolution）还不叫“演化”。达尔文的爷爷伊拉斯谟·达尔文（Erasmus Darwin）在《动物法则》（Zoonomia）中将物种以代为单位，在外表和行为上逐渐变化的过程称为“蜕变”（transmutation）；在1809年的《动物哲学》（Philosophie Zoologique）一书中，让-巴蒂斯特·拉马克（Jean-Baptiste Lamarck）也提出了相似的观点。伊拉斯谟和拉马克对物种“蜕变”的想法虽然与查尔斯·达尔文后来提出的自然选择（natural selection）有相异之处，但无疑在小达尔文对物种的思考中，种下了一颗将要迅速萌芽的种子。

左：《动物法则》封面。右：约瑟夫·赖特为伊拉斯谟·达尔文画的肖像画。图片均在公共领域内。

根据伊拉斯谟和拉马克的“蜕变”说，所有物种都从同一祖先中变化而来。在《动物法则》中，伊拉斯谟写道：

"（是否有可能，）所有的恒温动物都从一个生命中诞生，这个生命的活性（animality）由[上帝]赋予⋯⋯"

伊拉斯谟认为，每个动物都有朝着不同方向“蜕变”的潜力，这种潜力由各动物的意志、感觉等因素决定。拉马克则在《动物哲学》中进一步提出，物种的“蜕变”遵循“用进废退”和“性状遗传”两大规律。根据这种说法，如果一个孩子的父母都是举重选手，那这个孩子就应该有比同辈更强劲的臂部肌肉。

小达尔文在这种思想的熏陶中长大，进入了剑桥大学基督学院（Christ’s College）攻读学士学位。在同样就读剑桥大学的堂兄威廉·达尔文·福克斯（William D. Fox）的引导下，小达尔文爱上了收集昆虫和翻阅标本。在对昆虫学的狂热研习中，小达尔文对各种不同的动物产生了浓厚的兴趣，并决定出海，乘上帆船环游世界，收集标本并记录数据。就这样，达尔文在1831年底踏上了小猎犬号，跟随船长罗伯特·菲茨罗伊（Robert FitzRoy）探索不同大陆的海岸。在出海第一周的日记里，达尔文写道：

"刚开始，（晕船）就将我置于极度痛苦之中，这种痛苦不是人能忍受的。只有平躺才能让我好受一点⋯⋯"

1835年，在时好时坏的晕船中，达尔文抵达南美西岸的加拉帕戈斯群岛（Galápagos Islands）。正是这个群岛，让达尔文画下了举世闻名的“生命之树”。

"生命之树"

达尔文在加拉帕戈斯群岛上发现了许多长相各异的鸟类。这些鸟在身材和色彩，甚至喙长上，都有巨大差异。有趣的是，不同喙的形状和长度，仿佛是根据岛屿分布的：在一个岛上，或许主要居住着喙又长又弯的鸟，而另一个岛上的鸟则大多数有又短又直的喙。

达尔文在加拉帕戈斯哥拉帕戈斯群岛上发现的四种雀，不同岛上发现的雀具有明显不同的喙长和喙形。图片在公共领域内。

作为一名昆虫学家，达尔文深知自己需要鸟类学家的帮助来解读这些差异——在发现这些差异的时候，他甚至都不知道这些是什么鸟。于是，带着从各个岛上搜集的鸟类样本，达尔文在1836年返回英格兰。在伦敦，著名的鸟学家约翰·古尔德（John Gould）对这些样本进行了分类，并得出结论：加拉帕戈斯群岛上的鸟是雀（finch），而且达尔文观察到的并不只是“差异”，而是13个不同的物种。

得益于达尔文对雀样本搜集地点的详细记录和古尔德的分析，“生命之树”的雏形在达尔文的思想中逐渐成型。1837年，达尔文在笔记中写下了文章开头展示的那一页。在“生命之树”的草图右边，达尔文写道：“当初的一代（动物）一定变成了当今很多不同的（动物）。”

8年后，在《小猎狗号游记》（The Voyage of the Beagle）中，达尔文写道：“我们可以合理推断⋯⋯起初（上帝）指定了一个物种，并将其向着不同的方向改造。”

在又历经了14年的思索和修改后，达尔文在1859年出版的《物种起源》中，写下了他对“生命之树”概念成熟的看法。他说：“我们常常以大树的形式来展现同种类（class）的相似生物。我认为这个比喻与现实相差无几。”

《物种起源》中的唯一一张插图，是一棵跨越了14代的“生命之树”：

《物种起源》中的唯一一张插图——“生命之树”。图片在公共领域内。

而在2016年发表于《自然》子刊上的一项宏基因组学（metagenome）研究中，科学家仍在以相似的方式，为我们呈现现代生物学的“生命之树”：

2016年《自然》子刊论文中的“生命之树”；人类属于右下角的后鞭毛生物（Opisthokonta）演化支。来源：Hug et al., Nat. Microbiol.

万物皆在演化，"何等壮丽恢弘"

达尔文于1882年逝世。他的“生命之树”，连同他的自然选择说和演化理论，都预设了一种“遗传因子”的存在，能将每一代生物的性状以可遗传的方式传递给后代。当时已经诞生的孟德尔学说恰好提供了这一“遗传因子”的证据：格雷格尔·孟德尔（Gregor Mendel）发现，豌豆的不同性状必然通过某种能遗传的物质向后代传播，从而形成后代豌豆的不同性状。可惜的是，因为各种原因，孟德尔学说在提出之时并未受到学界的广泛关注。

由于缺少这样关键的因素，达尔文的“生命之树”并未在学者间生根发芽，19世纪末和20世纪初也被称为“达尔文主义的式微”（Eclipse of Darwinism）。然而在此期间，演化理论的替代品井喷，竟在无意之中促进了演化理论的成长；当人们再次发现孟德尔的遗传学说时，生物学家罗纳德·费希尔（Ronald Fisher）等人推动演化理论和其替代品一同“演化”成了现代综合理论（Modern Synthesis），以一个完整的体系呈现了地球上亿万物种的演化历程和机制。

不断的更新和修正揭示，达尔文对“生命之树”的原本理解虽然在大体上准确，但也存在一些重要问题。例如，正如达尔文自己在《物种起源》中所承认，物种的定义十分复杂；现代生物学清晰表明，物种之间的界限比想象中模糊，“生命之树”中那样清楚的分界，可能并不存在。此外，微生物学也揭示了个体细菌之间直接交换基因的行为，这意味着所谓的“遗传因子”有时并不需要由“遗传”传播——“生命之树”更像是一张“生命之网”（Web of Life）。

即便如此，达尔文在1837年画下的那一张草图，仍毋庸置疑地奠基了现代生物学。萌芽于当初一张草图的演化学，已在将近两个世纪的时间里渗入现代科学的各个角落。从描述人类社会的“文化演化”（Cultural Evolution）理论，到人工智能中的演化算法（Evolutionary Algorithm）和深度学习（Deep Learning），都可溯源至“生命之树”这一简单的想法。

万物都在演化，并在演化中适应各自的环境和任务，正如《物种起源》结尾一句所说：

"无数最美丽与最奇异的类型，即是从如此简单的开端演化而来、并依然在演化之中；生命如是之观，何等壮丽恢弘！"

（苗德岁译本）

《物种起源》的末尾句。有趣的是，虽然《物种起源》中多次提到上帝（如图中下划线处），史学家大多认为这只是达尔文为了避免教会迫害，做出的无奈之举。据赫胥黎等人称，达尔文在私下是一个明显的无神论者。